Tak do końca to nie wiem jak doradzić. Napiszę jak ja robię. Jeśli modyfikuję jakiś plik, najczęściej ze składami, z eventami, czasem pliki zawierające torowisko lub sieć trakcyjną, to oryginałom zmieniam nazwę tak, aby nie wczytywały się do scenerii. Te pliki zostawiam zwykle tam gdzie były, lub tworzę katalog lub osobny podkatalog pod nazwą kopie plików. Obecnie ze względu na posiadaną ilość miejsca na dysku (2,5tB) osobno trzymam dwie, lub trzy paczki EU07 i zapasowe spakowane archiwum 7zip. Jedna paczka, oryginał czysty, druga paczka do testów różnych dodatków z forum, także własnych kombinacji i modyfikacji. Jeśli nawet co zepsuje, to straty nie ma, szybko odtwarzam ją na nowo z archiwum. Zależnie od potrzeb odtwarzam z rozpakowanego lub spakowanego oryginału. Ostatnia paczka, to ta która służy do jazdy, zabawy i jest (przynajmniej do tego dążę) taka jak ja mam ochotę. Nigdy nie zajmowałem się modyfikacją modeli kabin i tekstur. Raz poprawiłem w SN61 obracanie kół w jednym z wózków, obracały się odwrotnie niż trzeba (przeciwnie do kierunku jazdy). Jeśli poprawiałeś coś po swojemu, to zostaw to byś, mógł na co dzień tym się posługiwać. Oryginały wrzucaj do jakiegoś katalogu z dobrym opisem, gdyby zachodziła potrzeba zaczerpnięcia do użytku.