Można też spróbować zainstalować z repozytoriów Debiana rdate i dodać do crona wykonanie codziennie polecenia:
rdate -s [adres-serwera-ntp]
Ewentualnie można co jakiś czas zsynchronizować zegar systemowy ze sprzętowym i skalibrować odczyt z zegara RTC:
hwclock --systohc --adjust
Oczywiście oba polecenia należy wykonać jako root. Tyle, że to też tymczasowe rozwiązanie problemu.
PS Kiedyś wyczytałem gdzieś w sieci, że ktoś miał problem ze spóźnianiem się zegara w czasie przetwarzania dużej ilości danych, np. przy kopiowaniu zawartości jednego dysku na drugi. Może po tej awarii podobny problem pojawił się na serwerze.