Według mnie to uK powinien pierwszy rozpocząć komunikację przez wysłanie pierwszego bajtu o wartości np. 0xFF (255). To by otworzyło drogę do Plug & Play.
Przy komunikacji liczą się pojedyncze bajty czyli liczby całkowite, więc wyrzuciłbym wpisy w pliku eu07.ini dla liczb rzeczywistych.
Trzecia rzecz też odnośnie komunikacji, idźmy w Full Duplex czyli transmisję w dwie strony jednocześnie, a nie jak teraz Half Duplex. Nie potrzeba wątków, ale wystarczy wysyłać po bajcie sterującym od uK do maszyny, a maszyna rozpocznie wysyłanie ramki do uK. Arduino ma bufor danych więc nie ma z tym problemów, odczyta to co zostało wysłane kiedy będzie miało czas. (uK - mikrokontroler)
P.S. Includy dla arduino na
https://git.eu07.pl/Lakasabasz/Arduino-Maszyna-Port